データベースはだんだんファイルサイズが大きくなっていきます。
ときどき最適化を行うとコンパクトなサイズにすることができます。

メニューバーの「データベース最適化」をクリックすると下のメッセージがでますので、
「はい」をクリックすると最適化を行います。